Acte II
La rue. Il fait nuit.
Leporello veut quitter son maître, mais Don Giovanni le convainc de rester et échange ses vêtements avec lui (Duo: «Va, che sei matto»). Elvira apparaît à son balcon (Trio: «Ah taci, ingiusto core!») et Leporello, déguisé, lui chante une déclaration d'amour. Elle le prend pour Don Giovanni et part avec lui. Don Giovanni chante alors une sérénade à la camériste d'Elvira («Deh vieni alla finestra»).
Surpris par Masetto et ses amis, le faux Leporello envoie les paysans à la recherche de Don Giovanni, puis bat Masetto avant de se sauver (Récitatif et air: «Metà di voi qua vadano»). Zerlina trouve Masetto et le console (Air: «Vedrai, carino, se sei buonino»).
L'entrée obscure de la maison de Donna Anna.
Elvira est rejointe par Ottavio, Anna, Masetto et Zerlina, qui veulent tuer le pseudo-Don Giovanni. Elvira implore leur pitié, et Leporello se démasque. Il demande pitié (Air: «Ah, pietà!»), et réussit finalement à s'enfuir. Ottavio voit dans ses événements la preuve que Don Giovanni est bien l'assassin du Commandeur, et promet de le venger (Air: «Il mio tesoro intanto»). Restée seule, Elvira admet qu'elle aime encore Don Giovanni et rennonce à la vengeance (Air: «In quali eccessi»).
Un cimetière, la nuit.
Leporello raconte les récents événements à Don Giovanni, qui rit aux éclats. Une voix provenant d'une statue lui demande de laisser les morts en paix. Sur ordre de Don Giovanni, Leporello lit l'inscription à la base de la statue : «Dans ma tombe, j'attends ma vengeance». Le vallet tremble de peur, mais son maître le force à inviter la statue à dinner (Duo: «O statua gentillissima»). La statue hoche la tête et répond «Oui».
La chambre sombre de Donna Anna.
Donna Anna demande à Don Ottavio de repousser leur mariage, ce qui l'afflige profondément (Air: «Crudele»). Peu à peu, elle s'appaise et lui confirme son amour.
La salle à manger, chez Don Giovanni
Don Giovanni commence son repas, pendant que les musiciens interprètent des airs d'opéras (Finale: «Già la mensa»). Elvira entre, et essaie de convaincre Don Giovanni de se repentir («L'ultima prova»). Mais ce dernier se rit d'elle («Vivan le femmine»). En partant, Elvira pousse un cri de terreur. Leporello va voir ce qui se passe et hurle à son tour, car il a vu la statue du Commandeur qui s'approche, et frappe à la porte. Comme son valet refuse d'ouvrir, Don Giovanni s'en charge. Le Commandeur entre («Don Giovanni, a cenar teco»), mais refuse de s'asseoir à table. Il invite Don Giovanni à dinner, et ce dernier accepte et lui serre la main. La statue lui demande alors de se repentir, mais Don Giovanni refuse. Le commandeur se retire et Don Giovanni est englouti par les flammes.
Tous les autres personnages entrent, et Leporello leur apprend ce qui vient de se passer. Anna consent à épouser Ottavio après le deuil de son père. Elvira décide de se retirer dans un couvent. Zerlina et Masetto vont se marier, tandis que Leporello veut trouver un meilleur maître (Chœur final: «Questo è il fin»).