Le vaste bassin de l'Elbe a d'abord constitué une voie importante de communication entre le nord et le sud de l'Europe. Les peuplades protohistoriques, Germains puis Slaves, l'ont parcouru au cours de leurs migrations à l'époque romaine puis durant le haut Moyen Âge.

Le fleuve a également pu jouer le rôle d'une frontière naturelle. Au VIIIe siècle, en effet, il marquait la limite orientale de l'Empire des Francs de Charlemagne.

A partir de 930, l'Elbe constitue la frontière ouverte entre Slaves et Saxons (Histoire des Saxons, de Widukind, moine de l'abbaye de Corvey). Cette frontière sera le théâtre d'affrontements entre eux durant quasiment tout le Moyen Âge.

Possession allemande au début du XXe siècle, l'Elbe devient international avec le traité de Versailles en 1919.

En 1945, les troupes soviétiques et américaines qui ont envahi l'Allemagne nazie opèrent leur jonction sur l'Elbe.

L'industrie tchèque et allemande mais aussi l'agriculture, par le biais des pesticides qui y étaient déversés, ont contribué durant le reste du XXe siècle à faire de l'Elbe un « fleuve mort sur le plan écologique » (région de Dresde, en 1990).

A la fin des années 1990, une prise de conscience a amené la naissance d'un important programme d’action écologique, dressé jusqu'en 2010. Celui-ci a notamment permis la réintroduction du saumon dans le fleuve.

Le bassin de l’Elbe a été reconnu comme biosphère transfrontalière alors qu'une réserve naturelle a été constituée sur 400 km de fleuve. Celle-ci couvre près de 3.700 kilomètres carrés.

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