Il fut un des représentants de la philosophie de l'idéalisme allemand à l'époque du romantisme.

Influencé par Kant et Fichte, il professa une philosophie de la nature dans son livre Système de l'idéalisme transcendantal publié en 1800. Cet idéalisme, dit objectif, accorde à la nature une réalité équivalente à celle du moi.

Il fut ensuite intéressé par Spinoza et G. Bruno et exposa une philosophie de l'identité avec son livre Bruno: Dialogue sur le principe divin et le principe naturel des choses publié en 1802. Il pensait, que de la nature ou de l' esprit, aucun n'était primitif, et que l'une et l'autre, dérivaient de l' absolu où se confondent l' objectif et le subjectif.

Finalement Schelling remplaça l' absolu par un Dieu plus personnel dans ses livres Philosophie de la mythologie publié en 1842 et Philosophie de la Révélation publié en 1854.

Victor Cousin, un philosophe français était son ami : Schelling a écrit une préface pour un livre de Cousin.

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