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L'Inquisition était une organisation de l'Église catholique chargée de lutter contre l'hérésie. La charge de l'Inquisition a rapidement été dévolue aux ordres mineurs, principalement les Dominicains.
De nos jours, en raison des nombreux morts qui lui sont attribués, l'inquisition a très mauvaise réputation (à peine moins mauvaise que celle des nazis), et la référence à cette institution, même mal connue, constitue un passage quasi-obligé de tout discours sur la religion et le catholicisme. L'inquisiteur est considéré quasiment comme un démon sous la robe du moine, ce qui ne correspond certainement pas à sa réalité historique.
Il y a eu quatre différentes Inquisitions ; leurs actions et interactions avec les gouvernements locaux sont sujettes à de considérables enquêtes et controverses historiques. En effet, l'Église ne connait qu'un seul châtiment : l'excommunication. Toute autre action judiciaire (mort par le bûcher, par exemple) voire militaire supposait donc une interaction avec les autorités locales. Tantôt, c'est donc l'Église qui se sert des autorités civiles pour détruire ses ennemis (encore faut-il que le prince y trouve son intérêt), tantôt c'est le prince qui se sert de l'Église pour justifier un acte (l'extermination des Templiers par Philippe le Bel, par exemple, ou la condamnation de Jeanne d'Arc), et plus généralement il faut qu'il y ait convergence de but (la destruction des cathares servait une conquête territoriale du roi de France).