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Auteur de plusieurs ouvrages, il a dénoncé les pratiques et les méthodes employées par les sectes pour manipuler leurs adeptes selon une systématique qui présente des caractéristiques communes à toute les sectes. La mise en garde qu'il adresse à la société ne concerne pas seulement les adultes, mais aussi les enfants qu'il entend protéger, déplorant que les lois ne soient pas assez strictes en la matière, ce qui permet aux sectes d'isoler complètement les enfants au risque de leur faire perdre tout repère. Il s'est occupé de nombreuses victimes de sectes sur le plan psychologique et il entend mettre à profit cette expérience afin de protéger les libertés individuelles et les droits de l'homme qu'il estime être bafoués dans les sectes à cause de leurs structures qu'il estime être totalitaires.
Jean-Marie Abgrall est l'auteur du livre "La mécanique des sectes" (1996). Il y dénonce le Mandarom et ses pratiques de la façon suivante: « Aujourd'hui, ce sont, sinon des adolescents, du moins des personnes qui n'ont pas la capacité d'analyse et de réflexion nécessaire pour déceler l'incohérence, qui n'ont pas de systèmes de référence, et qui se font prendre dans des pseudo-réflexions. Le Mandarom est un bon exemple : le « Messie cosmoplanétaire » a voulu faire la synthèse de toutes les religions. Mais ce n'est pas du syncrétisme: c'est du méli-mélo ». Il est intervenu en tant qu'expert dans l'affaire de l'OTS.
Jean-Marie Abgrall est l'auteur du livre "Les charlatans de la santé", éd. Payot paris 1998, livre dans lequel il dénonce les pratiques pseudo-médicales ou les médecines dites alternatives.
Les défenseurs des sectes voient en la personne du Dr Abgrall un grave danger contre l'indépendance de la justice puisqu'il est en même temps expert aux tribunaux et militant anti-sectes, ce qui leur semble être incompatible avec l'exercice impartial de la justice. Ils prétendent que le Dr. Abgrall, de par ses propos outranciers ou diffamatoires, n'est pas un expert fiable. Il aurait notamment déclaré du Mandarom: "on enfermerait une trentaine d'adeptes avec des sirènes de voitures branchées sur des batteries" [1], "Il faut rentrer dans le lard des sectes" [1]. Décrivant le Mandarom commme "un camp de concentration sectaire", il n'aurait pas hésité à dire "On sort rarement indemne d’une secte". "Sort-on indemne de ce type d'accusation?", se demandent sur le plan légal, les défenseurs des libertés religieuses.
Le Dr. Abgrall est suivi par l'ensemble du corps parlementaire et des organisations de lutte contre les sectes.