Il fréquenta la cour de Charles le Chauve et fut l'un des meilleurs représentants de la «Renaissance carolingienne». On lui doit une traduction du Pseudo-Denys l'Aréopagite, un De praedestinatione (851), et surtout le De divisione naturae («Des Divisions de la Nature», connu aussi sous le titre Peri phuseon, «Sur la Nature», 864-866), où se manifeste l'influence du néoplatonisme et des Pères grecs et où le théocentrisme chrétien est interprété en termes néoplatoniciens.

Toutes les aspirations humaines au savoir ont pour point de départ la question de la foi en la révélation. C’est à la raison qu’incombe néanmoins le devoir d’expliquer le sens de la révélation. Aucune contradiction ne peut surgir entre foi et vraie raison. On doit suivre l’autorité des Pères de l’Eglise aussi longtemps que celle-ci est en accord avec la révélation.

Mais dans le cas d’une contradiction entre l’autorité et la raison, c’est la raison qui l’emporte.

Dans son écrit intitulé De la prédestination, Erigène se lance dans une controverse très discutée, dans la mesure où il montre que le libre arbitre de l’homme est nécessairement lié à la croyance chrétienne en Dieu. De plus, il tient la bonté de Dieu pour inconciliable avec le fait qu’il ait prévu, à l’avance, pour l’homme les punitions de l’enfer (l’enfer c’est le repentir).

Dans son oeuvre principale, De la division de la nature, il distingue 4 formes de nature:

• la nature qui crée et n’est pas créée : Dieu comme créateur;
• la nature qui est créée et qui crée : les Idées divines. Celles-ci sont des archétypes pour
• la nature qui est créée et qui ne crée pas: les choses singulières (créatures)
• la nature qui ne crée pas et qui n’est pas créée: Dieu plongé dans la paix et ayant cessé de créer (le but de la création).