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En 1600, il se réfugie à Prague, pour des raisons religieuses, il est protestant et les idées de Copernic ne sont pas bien vues. Il va étudier avec l'astronome danois Tycho Brahé, qui lui demandera de calculer la trajectoire de la planète Mars, pour laquelle il remarque une excentricité, qui était considérée comme une anomalie puisque l'on croyait à l'époque que les planètes avaient des trajectoires circulaires.
Il va laisser ses trois lois pour décrire les orbites des planètes. Notons que s'il avait vu juste, il expliquait les mouvements des planètes non pas par la gravité mais par le magnétisme.