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Le héros, Serge Mouret, est le fils de François Mouret et de Marthe Rougon, personnages principaux du précédent roman. Ordonné prêtre à l'âge de vingt-cinq ans, il choisit d'exercer son ministère dans le petit village des Artauds, à quelques kilomètres de Plassans, sa ville natale (qui correspond dans les romans de Zola à Aix-en-Provence). Là, il sent se développer en lui le désir des sens, attisé par le spectacle de paysans se livrant sans retenue à la fornication. Ce désir se transforme en amour mystique pour la Vierge Marie, accompagné d'extases et de mortifications qui finissent par le rendre gravement malade. À deux doigts de mourir, il est confié par son oncle, le docteur Pascal, à un athée nommé Jeanbernat et à sa nièce Albine, qui vivent dans une propriété à l'abandon appelée le Paradou.
Au Paradou, Albine va peu à peu réapprendre la vie à l'abbé Mouret. Dans cette sorte de paradis terrestre à la végétation luxuriante, ils vivent comme Adam et Ève et découvrent peu à peu l'amour, qui finit par devenir charnel. Serge a trouvé son équilibre, il est enfin devenu un homme. Mais il va être brutalement chassé du paradis par le frère Archangias, qui lui rappelle ses devoirs de prêtre et le force à quitter Albine. L'abbé Mouret regagne sa paroisse, et tout désir s'éteint en lui. Albine, qui était enceinte, se suicide lorsqu'elle voit que plus rien ne peut ramener son amant à la vraie vie.