Le marxisme-léninisme se distingue essentiellement du trotskisme par sa conception de l'organisation du Parti. Pour Staline, aucun débat et aucune opposition ne saurait être tolérée à l'intérieur du Parti. Seul le secrétaire général doit diriger le Parti. Le marxisme-léninisme défend la théorie du socialisme dans un seul pays. Pour Trotski au contraire, il faut poursuivre la révolution au niveau international. Trotski pense que le débat doit pouvoir exister à l'intérieur du Parti. Le trotskisme défend un minimum de démocratie et de pluralisme à l'intérieur du Parti. Pour les communistes de conseil, Trotski n'est qu'un Staline manqué. Staline enverra tous ses opposants dans des camps de travail : les Goulags.

De 1922 à 1956, le marxisme-léninisme domine l'ensemble des Partis Communistes réunis dans le komintern puis le kominform à partir de 1947 (IIIe Internationale). Staline meurt en 1953. En 1956, l'URSS et les pays d'Europe de l'est abandonnent la référence à Staline et au marxisme-léninisme. Dans les années soixante, seule la République Populaire de Chine de Mao Zedong et l'Albanie de Enver Hodja continuent à se réclamer de Staline et faire référence au marxisme-léninisme. Depuis, le marxisme-léninisme a évolué sous la forme du maoïsme.

Les trotskistes et les bordiguistes, bien que marxistes et léninistes, refusent le qualificatif de marxisme-léninisme utilisé par les staliniens. Les trotskistes ont dénoncé le totalitarisme du marxisme-lénisme dont ils ont été les premières victimes. Les bordiguistes, quant à eux, ont dénoncé le marxisme-léninisme comme étant l'idéologie de la bourgeoisie russe. Pour les bordiguistes, Staline a transformé l'URSS en un Etat capitaliste, le développement des moyens de production se faisant au détriment des besoins sociaux de la population, en privilégiant l'accumulation de Capital, l'industrie de l'armement, et la défense de la nation au détriment des prolétaires.

Depuis les années 70, certains groupes maoïstes ont rompu avec le stalinisme tout en continuant à se réclamer du marxisme-léninisme : notamment la Gauche Prolétarienne, Vive La Révolution, et l'Organisation Communiste Marxiste-Léniniste Voie Prolétarienne. Ces groupes ont évolué vers une nouvelle forme de maoïsme : le spontanéisme.

A la mort de Mao Zedong en 1976, la République Populaire de Chine et l'Albanie ont abandonné le marxisme-léninisme. Le marxisme-léninisme s'est alors poursuivi au Cambodge avec le régime des Khmers rouges. De nombreuses guérillas maoïstes continuent depuis à se réclamer du marxisme-léninisme : au Pérou (Sentier Lumineux de Abimaël Guzman) et au Népal notamment. En Italie, les Brigades Rouges continuent à se réclamer elles aussi du marxisme-léninisme maoïste. En France, le marxisme-léninisme continue à être représenté par le Parti Communiste Marxiste-Léniniste de France ( maoïste).

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