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Il fut constitué en 1793 par l'annexion de la république Rauracienne.
En 1797, l'ancienne principauté de Montbéliard, d'abord intégrée à la Haute-Saône, lui fut rattachée.
Il fut supprimé en 1800, lors de la création des préfectures, et entièrement rattaché au département du Haut-Rhin, dans lequel il forma deux arrondissements, Delémont et Porrentruy.
En 1815, le territoire qui avait constitué ce département fut partagé entre le département du Doubs (Montbéliard) et la Suisse (actuel canton du Jura).