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Elle est parfois rapprochée de la botanique qui étudie les plantes.
Les champignons se distinguent des plantes par l'absence de fleurs, de feuilles et de chlorophylle. De même, le mode de reproduction des champignons est très différent de celui des plantes.
Elle englobe aussi parfois l'étude des myxomycètes bien qu'ils s'agissent d'organismes n'ayant pas la même structure que les champignons.