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L'existence d'un village de ce nom est attestée depuis 999, et c'est en 1157 que la première église y est consacrée. À partir du XVIe siècle, le domaine d'Orsay et notamment les terres dites de 'la Bouvêche' appartiennent à la famille Boucher ; c'est notamment en l'honneur de Charles Boucher d'Orsay, prévôt des marchants de Paris, que Louis XIV fit nommer "quai d'Orsay" le quai, qu'il avait aidé à assainir, qui fait face au Louvre : c'est ainsi que le nom d'Orsay a été ensuite associé à la gare plus tard reconvertie en musée, expliquant cette bizarrerie que le musée d'Orsay n'est pas situé à Orsay. Le nom est cependant surtout connu depuis le XVIIIe siècle lorsque la famille des Grimod du Fort y achète des terrains et prend le nom de comtes d'Orsay.
Depuis 1957 quand, à l'initiative notamment de Frédéric et Irène Joliot-Curie, l'Institut de physique nucléaire s'implante dans la vallée de Chevreuse, celle-ci, et Orsay en particulier, est devenue un important centre scientifique avec notamment la création de l'Université de Paris-Sud dont la faculté des sciences d'Orsay est le plus important centre.