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La paléographie est un discipline proche de la philologie, qui se caractérise surtout par deux difficultés. D'une part, la graphie d'une même écriture ayant constamment évolué (écriture caroline, écriture gothique, etc.), il faut savoir déchiffrer les caractères qui constituent les textes de ces manuscrits. D'autre part, les manuscrits comportent nécessairement des abréviations servant à pour gagner de la place — à raison d'une peau de mouton par page, il fallait posséder un beau troupeau pour produire une Bible, même abrégée. Le paléographe doit donc connaître les abréviations courantes. L'esperluette, par exemple, est à l'orginine l'une de ces abréviations. Le tilde, d'autre part, en est une autre.
Ces connaissances permettent au paléographe de transcrire le document, c'est-à-dire d'en produire une copie moderne en rétablissant les abréviations. Ce travail est particulièerement important pour les textes en latin car les abréviation portent fréquement sur les finales, or la déclinaison du mot latin se particularise par l'usage de finales différentes.