Il meurt le1er mai 1993, à Paris après avoir été transporté par hélicoptère depuis Nevers (Nièvre) où il est retrouvé une heure auparavant dans le coma avec deux balles dans la tête. Les enquêteurs de police ont conclu au suicide, confirmant ainsi les déclarations du garde du corps de Pierre Bérégovoy ayant affirmé que celui-ci se trouvait avec lui au moment du drame et qu'il se serait emparé de son arme de service. La plupart des proches de Pierre Bérégovoy avaient d'ailleurs constaté l'état de dépression avancée de l'ancien premier ministre depuis sa défaite aux élections législatives du mois de mars. Nombre de ses proches ont déclaré croire avec certitude qu'il s'était suicidé.

Le président Mitterand affirma que son fidèle lieutenant avait été lâché aux chiens (des médias).

Mais à l'occasion du dixième anniversaire de sa mort en 2003, la thèse de l'assassinat a de nouveau circulé dans les médias. Selon cette thèse très contestée, Pierre Bérégovoy aurait été assassiné dans le but d'étouffer certaines affaires jugées trop compromettantes pour le président de la République, François Mitterrand. Cette thèse s'appuie notamment sur un certain nombre de cas similaires survenus dans l'entourage du chef de l'État, tel celui de René Lucet, directeur de la sécurité sociale (retrouvé mort avec deux balles dans la tête le 4 mars 1982), de François de Grossouvre (responsable du renseignement, retrouvé mort le 7 avril 1994 avec une balle dans la tête dans le palais de l'Elysée), ou de Pierre-Yves Guézou (responsable des écoutes téléphoniques de l'Elysée retrouvé pendu à son domicile le 12 décembre 1994).

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