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Le protectionnisme s'est historiquement fondé sur les idéologies suivantes : mercantilisme, socialisme, nationalisme, fascisme.
Parmi les doctrines protectionnistes, citons la réciprocité commerciale, la balance du commerce, l'indépendance nationale, les industries stratégiques, l'exception culturelle, etc.
Les économistes libéraux ont depuis Wealth of Nations d'Adam Smith (1776) largement discrédité les théories mercantilistes des protectionnistes; ce qui n'empêche pas le protectionnisme de perdurer sous d'autres noms, sans se prévaloir de théorie. Selon les libéraux, le protectionnisme est une imposture intellectuelle qui ne sert qu'à favoriser des groupes d'intérêt aux dépens du plus grand nombre et du bien public. Lire par exemple les Sophismes Économiques de Frédéric Bastiat (1845).