Leurs royaumes se trouvant près de la passe de Khyber, la voie classique d'entrée dans le sous-continent indien, ils se sont trouvés confrontés à la plupart des invasions qu'il a connu, en particulier celles des Arabes et des Moghols. Les Râjputs, eux-mêmes, sont probablement en partie des descendants d'envahisseurs, en particulier des Huns hephtalites ou Shvetahûna, put-être de Kouchans et de Scythes.

Du point de vue mythologique, les deux clans Râjputs les plus anciens sont supposés être issus du Soleil et de la Lune, souvent représentés dans leur armoiries. L'ancêtre de la troisième lignée, celle des Agnikula (de agni, feu), serait surgi du feu sacrificiel allumé au cours d'une cérémonie par Vasishtha près du lac Nakhi au Mont Abu et créé dans le but de combattre des démons.

Chacun de ces clans sera à l'origine de sous-clans dont certains ont eu une importance historique :