Dernière ville avant la capitale Mexico, en venant du nord ou de l'ouest, d'où arrivaient les troupes républicaines, Querétaro pouvait facilement être mise en défense.

Le 19 février 1867, l'empereur y arrive et en fait le « point de regroupement » des forces impériales qui s'élévent a 8 ou 9 000 hommes. Malgré un plan d'offensive décidé le 26 février, l'armée impériale resta sur place. Et le 5 mars le siège débuta.

L'armée républicaine du général Escobedo, comprenait des mercenaires américains et disposait du matériel donné par les États-Unis d'Amérique aprés leur guerre de sécession qui venait de se terminer. Leur force s'élévent alors à 40 000 hommes.

Les combat débutèrent le 12 mars. Ils furent particulièrement rudes le 14 et le 17.

Le 22, le général Marquez est envoyé quérir des renforts à Mexico. Il ne reviendra pas a temps.

Le 10 avril, Maximilien donna une fête pour célèbrer l'anniversaire son acceptation du trône.

Le « dernier affrontement d'envergure » eut lieu le 26 avril.

Le 14 mai Maximilien décida une sortie pour rejoindre Mexico. C'est dans la nuit du 14 au 15 mai qu'il fut trahi par le colonel Miguel Lopez, qui a laissé les forces républicaine s'emparer des retranchements impériaux permetant ainsi la prise de la ville sans combat. Maximilien est alors arrêté.