L'origine preromana dei primi insediamenti è attestata da rinvenimenti archeologici e sono ancora visibili le maglie di centuriazione. A causa delle sue prerogative di privilegio amministrativo e per la sua posizione strategica dovuta ai collegamenti con il Ravennate ed il Ferrarese, tra i quali i porti vallivi di Buda e di Portonovo, si trova spesso oggetto di conquista da parte di Bologna, ma sempre il suo status viene ristabilito dai poteri centrali e più volte i bolognesi ne sono obbligati a ricostruire o restaurare mura e torri. Nel 1507 Papa Giulio II riconferma la libertà e le esenzioni a Medicina, che previene così da una stabile definizione politica e amministrativa. Da quell'epoca viene istituito il mercato settimanale del giovedì all'interno delle mura; mercato che ininterrottamente è proseguito fino ad oggi. I secoli XVII e XVIII rappresentano per Medicina il periodo del suo massimo sviluppo sociale, economico e culturale. Nel 1746 Papa Benedetto XIV, nonostante le resistenze e le lotte di Medicina, nell'ambito del suo programma di riorganizzazione del governo dello Stato, assoggetta a tutti gli effetti civili e fiscali la Comunità di Medicina al Senato bolognese.

Nel territorio di Medicina, nella località denominata Fiorentina, si trova il più importante complesso radioastronomico italiano, entrato in funzione nel 1965 è attualmente gestito dall'Istituto di Radioastronomia (IRA) del Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR) di Bologna; costituito da un insieme strumenti per la ricezione e lo studio delle onde radio emesse dai corpi celesti quali galassie, nebulose, pulsar. Assieme ad altri paraboloidi dislocati in Europa e negli Stati Uniti, il complesso di Medicina fa parte della rete Very Long Baseline Interferometry (VLBI), una tecnica osservativa con la quale si ottengono risoluzioni d'immagine radio ad alta precisione. Il complesso radioastronomico di Medicina è composto dal più grande radiotelescopio in Italia, la "Croce del Nord" e dal 1983 da un radiotelescopio a paraboloide, con una superficie riflettente di ben 32 m di diametro. (Per maggiori informazioni: [1])