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通常、細菌やウィルスなどの外来病原体や人為的な注射などで体内に入るタンパク質などが抗原となるが、自己免疫疾患では自分の体を構成している成分が抗原となって免疫反応が起きてしまう。また、アレルギー反応を惹起する抗原を特にアレルゲンと呼ぶことがある。
抗原に対して有効な反応性を持った抗体を産生するためには多くの場合T細胞の関与が必要であるが、多糖類などのように抗体産生にT細胞を必要としない抗原もある。
医学的な利用
医学で抗原を細胞表面の機能性分子は抗原抗体反応で有無を検査することに使う。そこから、細胞表面に発現している物質はまだ同定されていない物質でも検査対象となり、これらすべてを抗原と呼んでいる。
抗原の発現は、腫瘍細胞の性状を判定するのに有用な所見であり頻用される。血中に現れた抗原は腫瘍マーカーと呼ばれ、腫瘍の早期発見や検索、術後フォローアップに重要である。
また、免疫細胞の持つ主要組織適合抗原（MHC、人間のものは特にHLAと呼ぶ）は自己と他者の認識を司る重要なセンサーであり、HLAの型（白血球型）は臓器移植、特に骨髄移植の際に適合させる必要がある。