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現在運行されている路線は1号線（関内駅～湘南台駅）と3号線（関内駅～あざみ野駅）の2路線であるが、あざみ野駅（青葉区）～湘南台駅（藤沢市）間40.4kmの一体の路線として運行されている。40.4kmは、地下鉄路線としては大江戸線(40.7km)に次いで日本第2位の長さである。また、各駅には、FIFAワールドカップ・韓国/日本大会にともない、湘南台駅から順に駅番号がつけられている。
他に、横浜環状鉄道（4号線）・日吉駅～センター北駅～センター南駅～中山駅が現在建設中である。
現在は欠番となっている2号線は、神奈川新町駅～屏風ヶ浦駅の路線として計画されていたが、後に中止となった。