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親鸞聖人の墓所に建てられた本願寺（西本願寺）を本山とする。
明治時代の初期に西欧の三権分立をまね立法（宗会）・行政（宗務所）による施策決定システムを持った。
絶大な権力を持つ本願寺派門主の第22世鏡如（大谷光瑞）は、シルクロード探検隊を送ったり、海外布教や、学生の教育に力を尽くしたが、それらの大きな費用負担が本願寺の財政を危機に陥れたため、鏡如は門主引退した。
本願寺派は再び危機を招かぬように、門主大谷家の権限を制限することを決定した。大谷家を権力中枢から、象徴へとその地位を変えた。門主は本願寺（西本願寺）の住職という地位にあり、教団を代表するのは、宗会(議会)で選出された総長である。
浄土真宗本願寺派は、真宗大谷派との区別のため「お西さん」と呼ばれる。本山の本願寺も、「西本願寺」と呼ぶ。
最近では葬式仏教、法事仏教との批判も多く、門徒の不審をかっている。特に若者の寺離れ、廃寺の増加は深刻な問題となっている。