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日本で初めて導入されたのは1975年に開催された沖縄国際海洋博覧会の観客輸送用の KRT で、初めて実用化されたのは、1981年に開業した神戸市のポートライナーと大阪市のニュートラムである。初期には方式が乱立していたが、1983年に当時の建設省・運輸省の指導で標準型新交通システムとして統一規格が作られ、それ以降に計画された新交通システムは、この規格に基づいて建設されている。統一規格では、車両は自動制御で、ゴムタイヤを使用し、側方に設けられた案内軌条（ガイドウェイ）に沿って走行することとしている。
山万ユーカリが丘線と桃花台新交通だけが中央案内軌条式を採用し、それ以外は側方案内軌条式を採用している。また、ガイドウェイバスも新交通システムの一種である。
法規上、鉄道事業法に基づく「鉄道（案内軌条式鉄道）」と軌道法に基づく「軌道（案内軌条式）」の両方が存在する。いずれか一方によるケースのほか、道路占用や開発事業に係る補助金等の関係で両方が混在しているケースも少なくない。
2004年1月現在、日本国内で営業中の新交通システムは、以下のとおりである。
| 事業者名 | 路線名（愛称） | 鉄軌道 の別 |
営業キロ |
|---|---|---|---|
| 埼玉新都市交通 | 伊奈線（ニューシャトル） | 鉄道 | 12.7km |
| ゆりかもめ | 東京臨海新交通臨海線（ゆりかもめ） | 鉄道 | 6.8km |
| 軌道 | 5.2km | ||
| 横浜新都市交通 | 金沢シーサイドライン | 軌道 | 10.6km |
| 西武鉄道 | 山口線（レオライナー） | 鉄道 | 2.8km |
| 山万 | ユーカリが丘線 | 鉄道 | 4.1km |
| 名古屋ガイドウェイバス | ガイドウェイバス志段味線（ゆとりーとライン） | 軌道 | 6.5km |
| 桃花台新交通 | 桃花台線（ピーチライナー） | 軌道 | 7.4km |
| 大阪市交通局 | 南港ポートタウン線（ニュートラム） | 鉄道 | 2.7km | 軌道 | 3.9km |
| 大阪港トランスポートシステム | ニュートラムテクノポート線（ニュートラム） | 鉄道 | 0.6km |
| 軌道 | 0.7km | ||
| 神戸新交通 | ポートアイランド線（ポートライナー） | 鉄道 | 3.0km |
| 軌道 | 3.4km | ||
| 六甲アイランド線（六甲ライナー） | 鉄道 | 1.5km | |
| 軌道 | 3.0km | ||
| 広島高速交通 | 広島新交通1号線（アストラムライン） | 鉄道 | 0.3km |
| 軌道 | 18.1km |
スカイレールも広義の新交通システムの一つといえるが、軌道（懸垂式モノレール）として軌道法による特許を受けている。