第1部から50年後、舞台はイタリア。ジョナサン・ジョースターの孫である「ジョセフ・ジョースター」(愛称ジョジョ)が、 過酷な波紋の修行を経て、石仮面の吸血鬼より強力な「柱の男」達と種の存亡をかけて戦うアクション活劇。

「柱の男」とは、2000年周期で石の柱の中から復活し活動する謎の一族のこと。 カーズ・エシディシ・ワムウ・サンタナの四人がいる。 高い寿命・知能・格闘能力を誇るが、太陽光に弱い。 「石仮面」に「エイジャの赤石」の力を取り込み、弱点の太陽光を克服、究極生物への進化を目論んでいた。

また「波紋」使いの一族は、この柱の男達からエイジャの赤石を守るため、 また柱の男達を殲滅するために存在することが明らかになる。

第一部に登場する石仮面は、実は試作品であった。 柱の男達は、ただの人間よりも高効率のエネルギー源として人間を吸血鬼に変貌させ、捕食していた。

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