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JRにおいては、特急料金・急行料金が不要な旅客列車を「普通列車」といい、各駅停車とは意味が異なり、すべての駅に停車するとは限らない。
普通列車のうち、通過駅が多い列車を旅客案内上、快速列車と呼ぶ。
特急・急行は乗車券の他に特別急行券または急行券が必要となるが、普通列車(快速列車を含む)は乗車券のみで乗ることができる。
また、特急・急行は定期乗車券(定期券)では乗車できないことが多いのに対して、普通列車は原則として定期券でも乗車可能である。但し、ムーンライトえちごなど全車指定制の普通列車など、定期券では乗車できないものもある。
「普通」という列車種別は、通常、各駅停車と意味は同じだが、路線によっては、都市間輸送としての本線と、通勤路線(緩行線)を分けている場合があり、「普通」は本線を走る列車、「各駅停車」は通勤路線を走る列車という使い分けがある。
例えば、東海道本線の下り「普通列車」は、品川を出ると次は川崎に停車するが、緩行線である京浜東北線の「各駅停車」電車は、品川の次は大井町に停車する。
なお、先頭の文で原則としてと書いたのは、普通列車でも特定の駅を通過する場合があるからである。
極めて需要が少なく、通勤時間帯等にしか乗降が見込めない駅は、たとえ普通列車でも通過する場合がある。
このような列車は、需要の少ない地方での路線にいくつか存在する。
たとえば、磐越西線の、堂島駅、笈川駅、姥堂駅、会津豊川駅は、普通列車と言えども、一日4本(休日は3本)しか停車しない。