平安時代を下って朝廷が地方統治への関心を失うと、中央に規定の税を送る義務を除き、統治の良否はもとより人民の税負担も問われなくなった。中央の貴族は国司を巨大な収入源とみなし、任官されながら任地に赴かない遥任など、収益を手軽に得る方法を作った。

鎌倉時代に守護が置かれると、国司は行政権を失い、荘園以外の土地（国衙領）から年貢を取り立てる荘園領主まがいの存在に変質した。鎌倉・室町時代を通じ、国衙領がしだいに武士に侵略されるにつれて、収入源としての意味も消滅した。

地方政治の実権が武家に移ると、国司は単なる名誉職となり、被官される人物の実効支配地に関係なく任命され、明治維新まで続いた。