海上や沿海部を中心にたびたび海賊行為を働いたため寇、すなわち海賊であるとされた。名前の通り、日本人の海賊と思われがちだが、事実ではない。発生当初こそ日本人で構成される事が多かったが、次第に明の海禁政策に反対する中国や朝鮮の商人たちが日本人の格好を真似、構成の主流となった。なお後期には南蛮人も参加していたようである。

中国の明や朝鮮の高麗・李氏朝鮮王朝、また日本の足利幕府に対し、倭寇は結果として重要な政治的外交的な影響力を与えた。明は足利幕府に対し倭寇討伐を要請する見返りとして勘合貿易に便宜を与えざるを得ず。また高麗王朝は倭寇が滅亡の原因の一つとなり、李氏朝鮮王朝は文禄の役の頃まで倭寇対策（懐柔と鎮圧）に追われた。李氏朝鮮王朝による対馬侵攻（応永の外寇）も、倭寇根拠地の征伐が大義名分とされていた。