一般の事業法人（会社）と異なる点は

1. 設置する学校の長も含め５人以上の理事や２人以上の監事を置くこと（私立学校法第35条）
2. 法人運営に広く学校法人の職員や卒業生等の意見をとり入れるための評議員会が必置機関であること（私立学校法第41条）
3. 解散する場合には残余財産が他の学校法人等に帰属すること（第51条-3）
4. 解散命令など所轄庁の監督権限についても法律上規定したこと、

設立母体としてはほとんどが民間資本（いわゆる私学、私立）であるが、例外として、各都道府県の合同による自治医科大学や特別法（放送大学学園法）に基づく放送大学学園のような、一部の公的学校も学校法人の形を取っている。