北京政府の長は、通常、大総統と呼ばれる。ただし、その下に位置する国務総理が実権を掌握した時期もある。

北京政府内では、北洋軍閥の中心であった袁世凱の死後（1916年）、北洋軍閥が三派（直隷派・安徽派・奉天派）に分裂し、派閥同士が対立抗争を繰り返した。
この派閥の対立抗争のために、北京政府は強い権力をもちえず、各地に軍閥が割拠する状況が生じた。このことが中華民国の民主化を遅らせ、かつ中華民国を弱体化させた大きな要因の１つであるとされることが多い。

北京政府については、次のような時期区分をする考え方もある。

1. 袁世凱時代
2. 段祺瑞（国務総理）時代（1916年の袁世凱の死による）
3. 曹錕時代（1920年の安直戦争・1922年の第一次奉直戦争の結果）
4. 段祺瑞（臨時執政）時代（1924年の第二次奉直戦争の結果）
5. 張作霖時代（1926年の段祺瑞の下野の結果）