5種類のタンパク質が知られており、それぞれ H1, H2A, H2B, H3, H4 と呼ばれている。H2A から H4 はコアヒストンと呼ばれ、八量体 (ヒストンオクタマー) を形成しており、約150bpの DNA を巻き付けることができる。この構造はヌクレオソームと名付けられており、染色体の最小単位である。

DNA とヒストンの複合体は転写に対して阻害的に働くことから、ヒストンの制御が注目されている。コアヒストンの構造は球形のカルボキシル末端と、直鎖状のアミノ末端 (ヒストンテール) からなっており、ヒストンテールに対するアセチル化、メチル化、リン酸化、ユビキチン化といった修飾が重要であることが明らかになりつつある (ヒストンコード説、エピジェネティク)。