ロシア正教会は、988年、キエフ大公ウラディーミル1世が公式に東方教会の教えを受けついた時から歴史が始まった。 当初は、ビザンティン帝国の教会の監督下の教会であり、コンスタンティノープル総主教がロシア正教会の府主教を任命した。

1325年、キエフがモンゴルにより荒廃したことをうけ、ロシア府主教はキエフからモスクワへ正教会を移転した。

1439年、フィレンツェ公会議（第八公会）でカトリック教会と正教会の指導者による、教会の分裂の再統合の合意がなされた。しかし、フィリオクェ問題をはじめとする教義の違いが争点となり、ロシア正教信者は西方のカトリック教会との譲歩を拒絶した。ロシア正教会の代表として公会議に出席し、再統合に賛成したギリシャ人のモスクワ府主教イシドール（ギリシャ語名イシドロス。1436-1441）は、モスクワに帰任すると直ちに捕らえられ、府主教を聖職を解かれて追放された。そして、イシドールはローマに逃れ、ローマ・カトリック教会の枢機卿に就任した。このときイシドールとともに多数の聖職者・教会がローマ・カトリックに改宗した。これをユニア教会と呼ぶ。

モスクワ大公ワシリ2世は、1448年、ロシア主教会議を招集し、新しい府主教イオナ（1448-1461）を即位させた。その後、ロシア正教会はコンスタンティノープル総主教庁から自治独立権を有するようになった。