1970年7月21日、第11次越冬隊により建設される。当初はみずほ観測拠点という名称だったが、1978年にみずほ基地と改称された。
1971年出発の第13次隊から、1985年出発の第27次隊までが使用したが、積雪により基地全体が埋没し、現在は観測基地としては使用されていない。主に昭和基地からドームふじ観測拠点へ行く際の中継基地として使用されている。