ホメオボックスは DNA 結合能をもつアミノ酸配列であり、このアミノ酸配列を含むタンパク質は Hox タンパク質 (または単に Hox) と呼ばれ、進化的に保存されたファミリーを形成している。これらは転写因子 であり、動物の発生に重要な役割を担っていることが知られている。