ウェスタンブロッティングは電気泳動によって分離した蛋白質を膜に転写し、任意の蛋白質に対する抗体でその蛋白質の存在を検出する手法。サザンブロッティング、ノーザンブロッティングの流れから。前二者は核酸どうしの相補性を利用したが本法は抗体の特異性によって目的の分子を区別している。よってイムノブロットとも呼ばれる。

日本の場合狂牛病の二次検査で異常型プリオンの検出に用いられている手法の一つ。

GFPに対する抗体で行った間接標識ウェスタンブロッティングの結果例。

レーン1は分子量マーカ。レーン2、3、4にはそれぞれ異なった試料を使って電気泳動を行った。PVDF膜に転写後、GFPに対する抗体を反応させ、一次抗体に対する西洋ワサビパーオキシデース標識二次抗体を結合させた。パーオキシデースの酵素活性に由来する化学発光をX線フィルムで検出した。