アーヤトッラー・ルーホッラー・ホメイニー（Āyatollāh Rūhollāh Khomeinī, 1900年? - 1989年6月3日）は、イランのシーア派（12イマーム派）の精神的リーダーであり、1979年にイラン国王モハンマド・レザー・パフラヴィーを追ったイラン・イスラム革命の指導者である。イランの現在の政体、イスラム共和国は彼によって打ち立てられた。

ホメイニーは、1900年頃にイラン中部のホメインの町でシーア派第七代イマーム、ムーサーの子孫を称するサイイドの家系に生まれ、当初の名をルーホッラー・ムーサーヴィーと言った。のちに「ホメイン出身の者」を意味するホメイニーを姓とする。ホメイニーが幼い頃に亡くなった父はイスラム法学者で、彼もイランのシーア派の聖地コムでイスラム法学を修め、シーア派の上級法学者を意味するアーヤトッラーの位階を得た。一方、1941年以来、国王の西欧化政策に対する不満を表明する。

1963年、国王が宣言した「白色革命」に対する抵抗運動を指導し、逮捕される。このときは釈放されるものの、政府批判を続け、翌年ついに国外追放処分を受けた。イラクのシーア派の聖地ナジャフに入ったホメイニーは、ここで「法学者の統治論」を唱え、シーア派のイスラム法学者がお隠れ（ガイバ）中のイマームに代わって信徒の統治を行わなければならないとする理論を構築した。1978年にイラクを離れ、フランスに亡命するが、一貫して国外から国王への抵抗を呼びかけつづけた。

1979年1月16日に反体制運動の高まりに耐えかねた国王が亡命したのを受けて、ホメイニーは2月1日にフランスから15年ぶりの帰国を果たしてイスラム革命評議会を組織した。2月11日、評議会は国王政府から権力を奪取し、唯一の公式政府となると、イスラム共和国への移行の是非を問う国民投票を行い、98％の賛意を得た。4月1日、ホメイニーはイラン・イスラム共和国の樹立を宣言し、「法学者の統治論」に基づいて、任期四年制の大統領の上に立つ「最高指導者」となった。

アメリカ大使館占拠事件、イラン・イラク戦争などの対外危機や、大統領アボルハサン・バニーサドルと、議会与党イスラム共和党の対立など困難が続く中で、ホメイニーは革命イランの最高指導者として政治・司法・文化のイスラム化政策に強い影響力を発揮した。