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おなじみのレッド・グリーン・ブルー・イエロー・ゴールド・シルバー・クリスタル・ルビー・サファイアのキャラクター達がカントー・ジョウト・ホウエンの三つの地方をそれぞれの目的で旅し、ポケモンを悪い事に使おうとするロケット団・四天王・仮面の男・マグマ団＆アクア団と戦う物語。
シナリオ担当は日下秀憲、1～9巻の作画担当は真斗、10巻以降の作画担当は山本智。
| Table of contents |
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2 登場人物 |
第一章のライバル（第三章現在14歳・♂）
第9回ポケモンリーグの準優勝者。幼い頃（五歳くらい）からジョウト地方タンバシティのジムリーダー・シジマの元でポケモンだけでなくトレーナー自身も鍛えるという方針で5年ほど修行していた。そのおかげで通常ではありえないほどの「超感覚」を手に入れ、ゴーストポケモンを切り裂く事の出来る「みやぶる」や音で相手の起動を読み取る「みきり」が使えるようになった。現在は行方不明となったサカキに代わり、トキワジムリーダーをつとめている（本当はレッドがなるはずだったが、体調不良のためグリーンが代理をやっている）。
性格は冷静。図鑑所有者としての代名詞は「育てる者」
周りからポケモン屋敷に住むワカバタウン出身の少年。ある日、赤髪の少年シルバーとの出会いをきっかけにジョウト地方を旅する事になった。
性格は三枚目。図鑑所有者の代名詞は「孵す者」
本名：イエロー・デ・トキワグローブ（和訳：トキワの森のイエロー）
第二章の主人公：（第三章現在12歳・♀）
トキワの森で１０年に一度生まれてくる不思議な力を持つ少女。主な能力はポケモンの心や記憶を読み取り、傷を癒すものであった。しかし、この力を持っているがゆえに自分のポケモンも相手のポケモンも傷つけたくないという理由から戦う事を嫌っている。
トキワの森でロケット団に改造され野生化したミニリュウに襲われている所を助けてもらい、さらにトキワの森が悪事に使われようとしていたところをレッドに救ってもらった事をきっかけに憧れを抱くようになった。
第二章で主人公をしていた時はワタルをもしのぐ実力を発揮したが、その事件が終わってからはほとんど戦いをしてはいないため、手持ちのポケモンはドンドン弱くなっている・・・。
性格は優しいマイペース。図鑑所有者としての代名詞は「癒す者」
通称クリス。
第三章の10～11巻の一時的な主人公（第三章現在11歳・♀）
今までのポケモン図鑑所有者達はいまだに図鑑を完成させていない事にいら立っていた、オーキド博士はキキョウシティのポケモンの捕獲の専門家・クリスタルにそれを依頼する事にした。彼女は幼い頃から夢から母親の特訓により捕獲の専門家になった。最初は特訓が上手くいかない上、野生のポケモンの暴走で両腕を骨折してしまい挫折しそうになった事もあったが、同じく野性のポケモンにも助けられ両腕が使えないのであれば足を使えば良いと考え、蹴りでモンスターボールを操る事に成功した。噂では彼女の足技は少林寺やテコンドーとささやかれてもいる。最初の一週間でなんと142匹も捕獲してしまう、とてつもない実力を持っていた。最終的に伝説のポケモン等は捕獲に苦労するではないかと思ったが、他の図鑑所有者達の協力により250匹全てを捕獲する事に成功したが・・・、まだまだポケモンが発見され続けているためにオーキド博士に今度はホウエン地方に飛ばされるかもしれない・・・。
性格は超真面目系学級委員タイプ。図鑑所有者としての代名詞は勿論「捕らえる者」章ごとのあらすじ
第一章：レッド・グリーン・ブルー編
南国の小さな町、マサラタウン。ここにレッドというニョロゾを持つ少年がいた。彼はこの周辺では腕利きの実力を持っていたポケモントレーナーだった。
ある日、彼は西の森で黒づくめの集団と緑色のトゲトゲ頭の自分と同じくらいの年の少年と光り輝く見た事の無いポケモンに出会った。レッドは彼らの戦いを見て自分も加わったがあっさり負けてしまった。
そこで彼は今までただの偏屈じいさんだと思い、近づかなかったオーキド博士の所へ行き、新しいポケモン・フシギダネとポケモン図鑑をもらい旅へ出た。
そして、旅先で出会ったオーキド博士の孫グリーンと謎の少女ブルーと共に、世界征服の為の物と金を目的とする「物質的支配」をたくらむ悪の組織ロケット団を倒しポケモンリーグのチャンピオンとなることを目指す。第二章：イエロー編
マサラ出身の3人の少年少女のポケモントレーナーがロケット団を壊滅してから2年の時が流れた。
あれから何事も無く皆がただ平和にすごしていた時、前回の第9回ポケモンリーグで優勝したレッドが行方不明になった。
ここ2年はポケモンリーグの優勝者として全国の腕に自信のあるトレーナー達の相手をするという生活が続いているため周りは皆いつもの事だと思い、誰も心配する者はいなかった。しかし、戻って来たのは傷だらけになった、レッドのピカ１匹だけだった。
そこへさらにレッドの知り合いと名乗る黄色い麦藁帽子の少年が現れた。彼の名前はイエロー・デ・トキワグローブ。トキワの森で10年に一度生まれ来る不思議な力を持ったトレーナーだった。その力はポケモンの心や記憶を読み取り、傷を癒す力であった。
彼はピカを連れて行方不明となったレッドを探す旅に出た。そして、レッドの行方を知るジムリーダーをもしのぐ実力者、四天王の将ワタルと接触。彼もまたイエローと同じトキワの森の能力者であった。
彼らの目的は、ポケモンの理想郷のための土地を手に入れるための「空間的支配」。さらに、その世界を作るために邪魔である人類を滅ぼすことだった。
果たしてその先に待つ未来とは、人間がポケモンを苦しめ続ける世界か？ 四天王により人間が滅ぼされたポケモンの理想郷か？ それとも、人とポケモンが共存する世界か？ その時レッドは、そして、イエローの秘めた想いとは……！？
全ての未来は二人のトキワの森の能力者にゆだねられた……。第三章：ゴールド・シルバー・クリスタル編
今から九年前、各地でトレーナー能力の高い子供が巨大な虹色の鳥ポケモンにさらわれるという事件が多発した。その四年後ジョウト地方のある建物から9歳の髪の長い少女と6歳の銀色の瞳と赤い髪を持つ少年の二人が脱走した。
カントーでの四天王事件から一年後。舞台は移りジョウト地方。新たに動き出す運命の歯車が、少年をポケモントレーナーへの道へ導く。少年の名はワカバタウンのゴールド。近所からポケモン屋敷と呼ばれる所に住んでいる。町でも人気者の彼だが、ある日、オーキド博士からウツギ博士へのお使いを頼まれていた短パン小僧に出会い、一緒についていく事になった。
しかし、その頃ウツギ博士の研究所では赤髪の少年と黒づくめの男達がウツギ博士の研究しているポケモンを盗もうとしていた。ゴールドもそこに加勢するが、あっさり負けてしまい、さらに赤髪の少年に馬鹿にされてしまった事に腹を立て、オーキド博士からポケモン図鑑を、ウツギ博士からは新しいポケモン・ヒノアラシをもらって旅をする事になった。
そして、旅先で出会った赤髪の少年シルバーとポケモンの捕獲の専門家・クリスタルと共に、自分の過去を取り戻すために、そして、九年前の幼児大量誘拐事件で巨大な鳥ポケモン・ホウオウを操った男、時渡りポケモン・セレビィの能力を手に入れ「時間的支配」をたくらむ仮面の男こと「マスク・オブ・アイス」とその部下で彼がホウオウを使いさらって来た子供達「マスクド・チルドレン」の野望を阻止するために、ゴールドは戦う。第四章：ルビー・サファイア編
いつかの時代どこかの場所。新たなる物語が始まる。
ここホウエン地方にジョウト地方から一人の少年が父親のトウカジムリーダーとして就任するために引っ越して来た。彼の名前はルビー。ジョウト地方のコンテストの大会でも、かなりの実力者らしい。彼はバトル狂で別名「強さを追い求める男」である、父親のセンリに反感を持ち、さらにホウエン地方で開催されているポケモンコンテストの大会に出場するために引っ越して来たその日に家出をした。しかし、ひょんな事で引っ越して来た隣の家に住む父親の友人・オダマキ博士の娘のサファイアに出くわした。彼女もまたセンリ並のバトル狂でなおかつコンテストが嫌いだった。そこで言い合いの結果80日以内にルビーはコンテストを、サファイアはジムをそれぞれ全て制覇するという賭けをする事になった。
しかし、彼らはまだこの先で自分達の身に起きる2つの組織との戦いに巻き込まれる事に気付いていなかった。その2つの組織の名前はマグマ団とアクア団。それぞれかつて大地を増やしたり、海原を増やしたり等の勢力争いをしていた伝説の超古代ポケモンの天候を操る力を持つグラードンとカイオーガを狙っていた。そう彼らの目的は「天気的支配」。はたして、ルビーとサファイアはその二つの組織を食い止め、80日以内に自分達の目的をはたせられるのか？登場人物
グリーン
本名：オーキド・グリーンゴールド
第三章の主人公（10～11巻を除く）（第三章現在11歳・♂）イエロー
クリスタル