3等級制時の二等車、2等級制時の一等車の名残であり、車体の等級記号はイロハの「ロ」である。車体にはグリーン車を表わすマークが表記される。寝台車は「A寝台」「B寝台」で区分され、「グリーン寝台」という区分は無い。

名称の「グリーン」の由来は、2等級制時の一等車時代から側面窓下に表示されていた淡緑色の帯の色を基にしたとされ、さらにその淡緑色の帯の色は、2等級制に移行する際に、旧一等車のクリーム帯と、旧二等車の青帯を混色した色であるとも言われる。（実際には同率で混色した場合に淡緑色にはならない）現在は塗装規程の改定により廃止され、グリーンマークのみとなっている。

比較的利用度の高いJRの特急列車には連結されているが、利用度の少ない特急ではグリーン車を省いたり、1車両の半分程度しか用意しない列車も増えてきている。

普通列車では、現在、グリーン車が終日にわたってほぼ全列車に連結されるのはJR東日本の東海道本線東京口（東京駅～伊東駅・島田駅）と、横須賀線、内房線、外房線、成田線に乗り入れる総武本線の快速列車、JR四国が保有する瀬戸大橋線を主に運行するマリンライナーだけである。なお、2004年には、湘南新宿ラインを含む宇都宮線・高崎線方面の列車にも連結される予定である。

その他、特急用車両を使用して運転される夜行快速ムーンライトえちごや一部の通勤ライナー、早朝夜間の間合い運用により一部のローカル線でも運転される。

上記のほか、1970年代から1980年代にかけて国鉄、JRに登場したお座敷列車、欧風列車等のいわゆるジョイフルトレインも大半がグリーン車である。

私鉄のグリーン車

;伊豆急行:元々東海道本線・伊東線より乗り入れてくる列車が多い事や、自社線内の需要が多いと見込まれた事から自社保有の車両である100系電車にグリーン車を設けていたが、1988年に普通列車での運用を廃止。現在では特急リゾート踊り子に使用されるアルファリゾート21の『ロイヤルボックス』のみとなっている。

;小田急電鉄:御殿場線に乗り入れている特急「あさぎり」に使用されるロマンスカーRSE 20000形電車が、JR東海の371系と同等にするため、グリーン車を設けている。なお、自社線及び乗り入れる箱根登山鉄道線内でこの車両を使用する場合には「スーパーシート」と言う名称の特別席として運用している。

;北越急行:JR西日本・JR東日本と相互直通運転を実施する特急「はくたか」にグリーン車が連結されている。また、そのためにJR西日本と同形の681系電車を自社保有している。

;北近畿タンゴ鉄道:自社車両ではグリーン車はないが、JR西日本より乗り入れる特急がグリーン車を連結している。

;智頭急行:自社でHOT7000系気動車を保有し、JR西日本に乗り入れる特急「スーパーはくと」用にグリーン車を連結している。

;土佐くろしお鉄道:JR四国から乗り入れる特急列車がグリーン車を連結しており、自社で保有する2000系気動車にグリーン車がある。また、相互直通運転を実施する形態をとっているため、JR四国の保有車両と運用上特に区別されていない。