日本においては、明治時代から第二次世界大戦後の復興期まで設置され、警察や地方行政などの内政を担当した。

明治維新の際、律令制を基本として省が設置されたが、内政を中心に管理する官庁がなく、その政務をめぐって大蔵省などが争っていた。1873年征韓論がきっかけとなった政変を機に大久保利通が主導して太政官の下に内務省を新設、自ら内務卿となった。

大蔵省、司法省、工部省から、戸籍、駅逓、土木、警察などの業務が内務省に移され、検閲事務も加えて、地方行政と治安維持を担当する体制が整えられた。

1874年には郵政事務が内務省の管轄となったが、1885年に農商務省へ移管

1885年の内閣制実施で内閣に属するようになり、山縣有朋が初代大臣となった。内務省は、全国の府県知事などの高官の任免権を握り、地方行政の中核を担った。内務省の長官である内務大臣は、閣内において総理大臣に次ぐもっとも重要な地位とみなされるようになった。

1890年に鉄道庁が内務省の外局となるが、1892年に逓信省に移管。

1911年、幸徳秋水事件（大逆事件）をきっかけに警視庁に特別高等警察課が置かれた(いわゆる特高の始まり)。

1938年に衛生局、社会局が厚生省として分離した。

1947年に廃止、その業務は自治省、建設省、総理府、国家公安委員会などに引き継がれた。