一般には研究科が教育研究上の単位である。しかしこれには例外が認められており、近年では、九州大学が2000年に、学生が所属する学府および教官が所属する研究院という組織をもつ大学院へと改組した例がある。

日本においては、大学院は主に博士前期課程(修士課程)と、博士後期課程が設けられている。

博士前期課程(修士課程)は、大学修了者に対して、 入学試験を課し、合格したもののみが入学できる。 修了の為には、規定の単位の取得が必要。 規定の単位の中には修士論文が含まれる。 標準期間は2年。修了すると修士号が授与される。

博士後期課程は、修士号取得者に対して、 入学試験を課し、合格したもののみが入学できる。 修了の為には、規定の単位の取得が必要。 規定の単位の中には博士論文が含まれる。 標準期間は3年。 修了すると博士号が授与される。このように取得する博士号は課程博士と呼ばれる。

最近は社会の要望から、社会人大学院の設置が相次いでいる。

大学院大学

• 総合研究大学院大学
• 政策研究大学院大学
• 北陸先端科学技術大学院大学 (JAIST)
• 奈良先端科学技術大学院大学 (NAIST)
• 情報科学芸術大学院大学 (IAMAS)

学府・研究院制度

1999年5月に改正された学校教育法第66条に基づいて大学院は研究科以外の教育研究上の基本組織を置くことが可能となった。

これを受けて国立学校設置法第三条の四では具体的に大学院に教官の研究組織である研究部と院生の教育組織である教育部を設置できることが定められた。

これら法規の改正に基づいて2000年には東京大学では新たに大学院情報学環・学際情報学府が設置され、九州大学では全研究科が研究院と学府に改組された。

同様の形態の大学院は、まず2001年に横浜国立大学大学院工学研究院・工学府、大学院環境情報研究院・環境情報学府、千葉大学大学院医学研究院・薬学研究院・医学薬学府が、続く2002年には京都大学大学院地球環境学堂・地球環境学舎、東北大学大学院教育情報学研究部・教育部が、さらに2003年に熊本大学大学院医学薬学研究部・医学教育部・薬学教育部、山梨大学大学院医学薬学総合研究部・教育部、東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部・生命情報科学教育部が設置されている（2004年2月現在）。