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並行在来線問題
新幹線が並行する既存の路線を指す場合は、特に並行在来線という。
たとえば、東海道新幹線に対する東海道本線である。
従来、新幹線は、既存在来線の別線線増の扱いであったが、1997年に開業した長野新幹線以降、採算の見込めない並行在来線をJRから経営分離できることとされ、整備新幹線の建設と並行在来線の経営分離は、切り離すことのできない政治問題となった。
長野新幹線の場合、並行在来線となる信越本線のうち横川-軽井沢間は廃止、軽井沢-篠ノ井間は第3セクターのしなの鉄道に経営分離され、並行在来線経営分離の最初の例となった。
2002年に延長開業した東北新幹線の盛岡-八戸間についても、並行在来線となる東北本線の同区間が第3セクターのIGRいわて銀河鉄道と青い森鉄道に経営分離されたが、同区間は本州と北海道を結ぶ重要な物流ルートの一部であり、同区間を第2種鉄道事業者として営業を行うJR貨物との間で、線路の使用料（保守費）の負担をめぐって一時期、第3セクター側が貨物列車の通過の拒否を表明したことがある。最終的に国が費用の一部を実質的に負担することで決着したが、日本の物流政策に対して大きな問題を提起した。
2004年3月に部分開業する九州新幹線新八代-鹿児島中央間においても、並行在来線（鹿児島本線）のうち八代-川内間が第3セクター肥薩おれんじ鉄道に経営分離されることが決定している。
また、経営分離によりJR時代より運賃が大幅に上昇することになるのも問題である。