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細胞に核を持たない(原核細胞から構成される)生物のことを原核生物という。
リボソームRNAをもとにした系統解析では、生物界を分ける最も大きな分類は真正細菌と古細菌、真核生物の3つであることが示され、また古細菌の方が真核生物に近いことがわかった。 このことは原核生物は大きく異なった二つの系統からなり、加えて生物界を真核生物と原核生物に二分する分類が必ずしも実際の系統関係を反映しているとは限らないことを意味する。 ラン藻や大腸菌は真正細菌であり、古細菌には海底火山の熱水鉱床付近に生息する好熱菌、死海などの高塩濃度の環境に住む高度好塩菌、ウシの胃などに存在するメタン菌がある。
原核生物は下等な生物であるという認識が広まっているが、多様な生物種が存在を脅かす現環境下で生き延び、非常に早い増殖を可能にするために無駄を省いた体制をもつ現生原核生物は、高度に特殊化しており原始的な生物とは大きく異なっていると想像されている。