Carl R. Woeseが1977年に提唱した。

高度好塩菌、好熱古細菌、メタン菌(メタン生成古細菌)など、太古の地球環境に類似していると想像される環境に生育する種ががあることから始原菌（しげんきん）と呼ぶ場合もある。逆に、分子生物学的な解析によると真正細菌よりも真核生物に近いことから、後生細菌（こうせいさいきん）と呼ばれることもある。最初の生命(コモノート)が古細菌と真正細菌のいずれに近い存在であったのかは、まだはっきりと判っていない。

特殊な環境にだけではなく身近な環境にもよく見られる生物であることがわかってきた。

Table of contents

1 真核生物や真正細菌との具体的な違い 2 歴史 3 呼称 4 古細菌を構成するグループ 5 分布

真核生物や真正細菌との具体的な違い

1. グリセロールにイソプレノイドアルコールがエーテル結合した脂質骨格を持つ(エーテル型脂質)。また、グリセロールに炭化水素の結合する位置が古細菌ではsn-2,3位である(他生物はすべてsn-1,2位)。この対掌体の関係が、現在最も確実な古細菌と真正細菌・真核生物を分ける生化学的性質である。
2. 細胞壁にムレインが存在せず、シュードムレイン、単純タンパク質、S-レイヤー、シースなどによって構成される。
3. 抗生物質に対する感受性が真正細菌、真核生物とは異なる。
4. tRNAの特殊塩基や二次構造が異なる。
5. (真核生物と同様)翻訳開始にMet-tRNAを使用する。
6. (真核生物と同様)ジフテリア毒素に感受性がある。
7. DNA依存RNAポリメラーゼのサブユニット構成が複雑である(真正細菌は単純)。
8. ゲノムにヒストン様タンパク質があり、クロマチン様構造をとっている。
9. アミノ酸や遺伝子配列は、ある場合は真正細菌と相同性を示し、ある場合は真核生物と相同性を示す。また、どちらにも相同性を示さないケースもある。

歴史

1977年　WoeseとFoxが真核生物、原核生物の二つに分類されていた生物は、真核生物、真正細菌、古細菌の三つに分けるべきであると主張した。この1977年の論文(Proc. Natl.Acad. Sci. USA, 74:5088-5090)が、古細菌の存在を提唱した初めてのものである。

1978年　メタン菌の脂質が真正細菌には無いエーテル型であることが判明。同じエーテル型脂質を持つ高度好塩菌と好熱好酸菌も系統解析の結果、古細菌に属することがわかった。

1980年以降、古細菌研究が発展していく。特に、メタン菌は1980年代に現在知られている種の80％が分離されている。

1984年　LakeはWoeseとは異なった古細菌の系統関係を提唱し、古細菌の系統樹は現在に至るまでしばしば変更されている。

呼称

1990年にWoese自らが『古細菌は細菌とは系統が異なる』としArchaebacteriaからbacteriaを外しArchaea(アーキア)という用語を示した。 その際、界より上位の分類階級としてドメインを提案した。 更に、真正細菌は単にBacteria(バクテリア)、真核生物はEucarya(ユーカリア)とした。

つまるところ、現在日本語では『古細菌』あるいは『アーキア』が古細菌に対して使用されることが多くなっている。

古細菌を構成するグループ

• Euryarchaeota(ユリアーキオータ門(界))
• Crenarchaeota(クレンアーキオータ門(界))
• Korarchaeota(コルアーキオータ門(界))
• Nanoarchaeota(ナノアーキオータ門(界))

コルアーキオータ門（界）は1996年にBarnsらが16S rRNAのクローン解析から提唱された新しい門（界）で、いまだ分離株は見つかっていない。ただし、FISHを用いて増殖していることが観察されている。

ナノアーキオータ門(界)は熱水噴出孔から分離されたIgniococcusを宿主古細菌とする、極めて小さな古細菌が見つかったことにより設定されたものである(Nature, 417:p.63, 2002)。

分布

また、南極海の表層、淡水湖底沈殿物、土壌からも16S rRNA遺伝子が検出された。

ナマコや海産のカイメンの腸管に古細菌が共生しておりCearchaeum symbiosumと命名された(Prestonら、1996年)。

また、石油鉱床中から超好熱菌が発見されたことから、地下数kmに渡って生物圏が存在している可能性も示唆された。