2001年（平成13年）1月、中央省庁再編に伴い、内閣主導により政府内の政策の総合調整を行うことを目的に新設された。旧経済企画庁、沖縄開発庁、金融再生委員会を吸収している。
内閣総理大臣は内閣府に特命担当大臣を置くことが出来る。
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