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種（しゅ）とは、生物分類上の基本単位である。現在地球上には命名されているものだけでも200万種、実際にはその数倍から10数倍以上の種が棲息している。これらの種は35～40億年かけて多様化してきたもので、それぞれの種が食う食われるの食物連鎖や死骸などを分解することを通じて複雑なネットワーク（生態系）を構成している。
同じ地域に分布する生物集団が自然条件下で交配し、子孫を残すならば、それは同一の種とみなされる。もし、同じ地域に分布していても、遺伝子の交流がなされず、子孫を残さない（生殖的隔離）ならば、異なる種とされる。
それぞれの生物集団が異なる地域に属していたり、違う時代に属している場合、生殖的隔離の検証が出来ないため、その生物の形態の比較、集団レベルでの交配および受精の可能性の検証、雑種の妊性（稔性）の確認を通じて、同一の種であるかが検討される。
たとえば、ヒョウとライオンを強制的に交雑することによってレオポンと呼ばれる雑種が生まれるが、レオポンは繁殖力を持たないため、これらは同一の種とは呼ぶことが出来ない。ラバ（ロバとウマ）についても同様である。
異なる地域に分布する集団からなる種では、種の内部で異なる形態的特徴を持つ地域集団が存在することがある。これを亜種と呼ぶ。亜種と認定される基準は曖昧で主観的なところがある。日本列島に棲息する大型哺乳類の多くは、大陸産の同種とは異なる亜種として分類されている。