その動きは早くは中世から見られるが、一般には江戸時代中期後期以後の国学や復古神道に伴うものを指す。1868年に政府より出された神仏分離令により公的に神仏分離が進められた。

これにより廃仏毀釈運動がおこり、各地の寺院や仏具の破壊が行なわれた。

この運動は明治以後、第二次世界大戦の敗戦まで政府により進められたものの、民衆には普及しなかった。現代でも神社と寺院の違いが判らない者も多いという。中には神仏習合の風習を受け継いだり復興させたりするところもあるが、神道、仏教のそれぞれの内部では、お互いに忌避するむきもある。