藤原頼嗣（ふじわらのよりつぐ、延応元年11月21日（1239年12月17日） - 康元元年9月25日（1256年10月14日））は、鎌倉幕府5代将軍である。藤原氏の九条流の家に生まれたので、九条頼嗣とも呼ばれる。

藤原頼経と、藤原親能の娘・大宮殿の子として生まれる。

寛元2年（1244年）、執権・北条経時によって、父の藤原頼経に代わってわずか6歳で将軍に就任した。頼経が京へ追放された後も将軍として鎌倉に留まったが、建長3年（1251年）、了行法師らの謀叛事件に頼経が関係したとして、それに連坐する形で翌年将軍を解任され、京へ追放された。