かつては、脊椎動物を「脊椎動物門」として扱い、ホヤの仲間（尾索動物）とナメクジウオ（頭索動物）などをまとめて「原索動物門」として扱っていたこともあった。しかし、尾索動物と頭索動物とは「脊椎動物に近い」という便宜的な理由から同門として扱われていた側面があり、それらの系統間の類縁関係はそれほど近くはなく、むしろそれらと脊椎動物と間の方が近いことがわかったため、これらをまとめて脊索動物としてまとめて扱う分類が定着した。 特徴 単一の背側神経索を持つ、脊椎動物ではこれは脳と脊髄にあたる。 軟骨でできた棒状組織である脊索をもつ。ただし、脊椎動物では、発生過程で脊索より後に脊椎が形成されると、脊索は消失する。 咽頭部に鰓裂を有する。ただし、陸棲の脊椎動物では鰓裂は発生初期に見られるのみで、その後は頭頚部の諸器官に形を変えるため、成体では見られない。 分類 尾索動物亜門 脳を持たない。 ホヤなど オタマボヤ綱（尾虫綱、幼形綱） ホヤ綱（海鞘綱） タリア綱（サルパ綱） 頭索動物亜門 ナメクジウオなど 脊椎動物亜門
