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軌道法が「軌道ハ、特別ノ事由アル場合ヲ除クノ他之ヲ道路ニ敷設スヘシ」(2条)と規定し、鉄道事業法が鉄道の道路への敷設を原則として禁じている(61条)ことから、鉄道と軌道とは、道路への敷設の可否により区別されている。しかし、併用軌道区間を有する江ノ島電鉄が鉄道とされ、全線専用軌道である大阪市営地下鉄が軌道となっているなど、その適用区分は必ずしも明確ではない。国土交通省発足までは、鉄道は運輸省の管轄、軌道は運輸省と建設省の共管であった。統合後も現在まで、鉄道と軌道が一本化される様子はない。
臨海地区に建設された神戸新交通やゆりかもめなどの新交通システムは、旧建設省管轄の道路上に敷設されているか、旧運輸省管轄の港湾施設に属する「港湾道路」に施設されているかによって、区間ごとに軌道と鉄道を区分している。