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夏場に発生するアオコのなかにはシアノバクテリアが大量に発生した結果引き起こされるものもある。この中には毒性を持つ種も含まれる。
35億年前の最古の化石とされるものがシアノバクテリアに似ていることから最古の光合成生物といわれた時期もある。しかし、この化石は深海の化学合成細菌であるとする意見もあり、一方16SrRNAの系統解析では緑色非硫黄細菌がもっとも初期に分岐したとされる。さらに光合成にかかわる遺伝子の配列では紅色細菌がもっとも異なった配列を持っているという報告もある。このような知見が重なるとともに、生物間での遺伝子の移動がしばしば起こる現象であることが明らかになるにつれ（遺伝子の水平移動）、代謝経路と生物の進化とを同一に論じることが困難であると認識されるようになった、とおもうけどね。