醍醐寺は山深い醍醐山頂上一帯を中心に、多くの修験者の霊場として発展した後（この場所を「上醍醐」と呼称する）、醍醐天皇は自らの守護寺院に指定すると共に手厚い庇護を掛け、醍醐山麓の広大な平地に大伽藍「下醍醐」が発展することになる。

　上醍醐と下醍醐は険しい山道で隔たれ、男の足でも山頂まで１時間は要する（上醍醐は西国十一番札所であるが、西国一険しい札所でもある）。
　上醍醐には有名な醍醐味の語源となった「醍醐水」が今も湧き出ているほか、創建当時のままに残る国宝の薬師堂、醍醐寺の護法神である清瀧権現（せいりょうごんげん＝清瀧大権現とも呼称）本宮（国宝）などが険しい山あいに立ち並ぶ。

　下醍醐には本尊薬師如来を安置する「金堂」、「三宝院」などを中心に、上醍醐とは対照的な絢爛な大伽藍が広がる。
　壮大な下醍醐の伽藍は応仁の乱によってほぼ全焼し、その後も幾度の火災によって焼失・再建を繰り返しているが、護摩道場前にそびえ立つ五重塔は奇跡的に創建当時のまま現在に残る。

　醍醐寺の主な行事としては、醍醐派が本家である壮大な屋外大護摩柴燈護摩（さいとうごま）を中心とした施餓鬼法要が８月に厳修されるほか、４月には豊臣秀吉の「醍醐の花見」にちなんで現在も全山を揚げての花見会が開催される。　　

　因みに東京都立川市所在の真言系在家教団真如苑とは、真如苑開祖伊藤真乗が醍醐寺派の高僧であることから関係が厚く、現在も交流が続く。