論文業績はあまりなく脳に関する研究者としては無名であるが、脳科学、解剖学をはじめとした医学・生物学領域の広範な知識と独自の考察をもとにした、一般向けの著書を数多く執筆している。『バカの壁』は、200万部を超える大ヒットを記録し、2003年のベストセラー第1位になった。また、同タイトルが、新語・流行語大賞、毎日出版文化賞特別賞を受賞した。
著書 アタマとココロの正体 異見あり-脳から見た世紀末 いちばん大事なこと-養老教授の環境論 解剖学教室へようこそ ガクモンの壁 形を読む カミとヒトの解剖学 身体の文学史 考える人 記憶がウソをつく! (共著:古舘伊知郎) 三人寄れば虫の知恵 涼しい脳味噌 続・涼しい脳味噌 手入れ文化と日本 毒にも薬にもなる話 日本人の身体観の歴史 脳が読む 脳と自然と日本 脳に映る現代 脳の冒険-解剖学者の好奇心の玉手箱知的 脳の見方 人間科学 バカの壁 バカの壁をぶち壊せ!正しい頭の使い方 (共著:日下公人) 話せばわかる-養老孟司対談集 ヒトの見方 本が虫 まともな人 見える日本、見えない日本-養老孟司対談集 ミステリー中毒 虫眼とアニ眼 唯脳論 養老孟司の逆さメガネ 臨床読書日記
